投标保函是指在招投标活动中招标人为保证投标人不得撤销投标文件、中标后不得无正当理由不与招标人订立合同等，要求投标人在提交投标文件时一并提交的一般由银行、保险公司或具有担保资格的专业担保公司出具的书面担保。
投标保证金是指在招标投标活动中，投标人随投标文件一同递交给招标人的一定形式、一定金额的投标责任担保。其主要保证投标人在递交投标文件后不得撤销投标文件，中标后不得无正当理由不与招标人订立合同，在签订合同时不得向招标人提出附加条件、或者不按照招标文件要求提交履约保证金，否则，招标人有权不予返还其递交的投标保证金。
保证金存在被收取者挪用的风险，而且对是否挪用难以监控。虽然法律上明文规定保证金不允许挪用，但事实上或多或少，无论是招标代理机构，还是招标人，什么有些政府交易平台，都存在一些保证金挪用的现象，如果挪用的大额保证金不能及时归还，对投标人会造成损失。
投标保函对于招标人，收取的就是一份担保文件，退还也就是退还这份文件，与财务及企业账目无关，也不存在退还利息的情况。