北京市眼科研究所、北京市耳鼻咽喉科研究所、北京市糖尿病研究所与医院主体并称“一院三所”，成为集医疗、教学、科研、预防、国际交流五位一体的医疗科研联合体。眼科、耳鼻咽喉科为教育部批准的国家临床重点学科，变态反应(鼻过敏)科为原国家卫生和计划生育委员会批准的国家临床重点专科，中医眼科学为国家中医药管理局批准的中医重点学科。首都医科大学北京眼科学院和耳鼻咽喉科学院设在院内。医院设有世界卫生组织防盲合作中心和世界卫生组织防聋合作中心，附设北京同仁眼库(国际眼库协会会员)。
同仁医院历经百余年发展，凝练出“精诚勤和”的医院精神。在新的历史时期，同仁人将继承和发扬百年同仁优良传统，弘扬主流文化，苦练内功，精于内涵，团结一致，创新发展，努力为人民群众提供优质、、快捷的医疗服务。
在临床相关研究方面，眼底专科开展了增生性玻璃体视网膜病变发病机制的研究，视网膜下人工假体植入技术及组织相容性研究，高度近视眼致病基因定位及蛋白质组学分析，黄斑营养不良的致病基因定位研究，年龄相关性黄斑变性发病危险因素和早期干预研究，以及眼病的流行病学研究等。持续不断的获得了多项及省部级课题经费的支持。发表了系列高质量研究论文，形成了同仁品牌效应和国际影响力。北京同仁医院眼底专科坚持以临床服务为根本，以科研创新为导向，医疗、教学、科研、预防发展的目标，推动了创新型的科学研究工作的持续开展和学科临床服务水平的不断提高。
作为具有同仁特色的科室，眼外伤专科特别注意与口腔颌面外科、神经外科、鼻科等兄弟专科的合作，在交叉复合学科发展上在国内独树一帜。眼外伤专科与耳鼻喉科成立了鼻眼相关中心，联合开展了复合路径下的眶壁骨折整复术、多重疗法的视神经管减压术、合并鼻骨骨折的鼻泪道手术和眶-鼻窦异物取出、眶面复合创伤多学科多层次多断面联合;与神经外科合作，率先开拓经颅显微视神经管减压开放术、眶颅异物取出术，大大提高了手术成功率。